1945年11月20日，在盟總的監(jiān)視下，靖國神社舉行了大祭，這是日本戰(zhàn)敗后的第一次，也是最后一次由國家主持的大祭。裕仁天皇和幣原首相為首的政府各級(jí)官員以及日軍代表參加了大祭，參拜者人數(shù)達(dá)到3萬人。為了給盟總留下良好的印象，軍人們穿著西服入列參拜。

日本人的偽裝終于有了收獲，1945年12月15日，盟總發(fā)布了麥克阿瑟第448號(hào)指令，即所謂的“神道指令”，宣布廢止國家神道，實(shí)行政教分離。但這道命令卻同意靖國神社脫離國家管理成為宗教法人，并與其他宗教團(tuán)體享受同等待遇，靖國神社終于逃過了滅頂之災(zāi)。

羅馬教廷代表勸阻麥克阿瑟，美為冷戰(zhàn)考慮保留靖國神社

1946年4月，靖國神社接到盟總的新通告，禁止天皇參拜靖國神社。接著，在中國、蘇聯(lián)等國的強(qiáng)烈要求下，美軍用水泥將靖國神社內(nèi)紀(jì)念日軍侵略戰(zhàn)爭的13米高的大石燈籠抹平。11月，盟總又發(fā)布了關(guān)于靖國神社的新指令，指出靖國神社是軍國主義神社，不承認(rèn)將國有土地轉(zhuǎn)讓給神社，靖國神社存在的合法性再次遭到了質(zhì)疑。1951年9月，盟總批準(zhǔn)了土地轉(zhuǎn)讓事宜，靖國神社最終得以茍延殘喘。此時(shí)的靖國神社雖已降為一般性的宗教團(tuán)體，但神社中供奉的戰(zhàn)爭亡靈的靈位并沒有撤除。

隨著1952年美軍占領(lǐng)時(shí)代的結(jié)束，各種祭拜靖國神社的活動(dòng)相繼“死灰復(fù)燃”。靖國神社搖身一變成為少數(shù)右翼勢(shì)力為軍國主義招魂、為侵略戰(zhàn)爭翻案的政治舞臺(tái)。

至于當(dāng)年美軍為何沒有燒毀靖國神社，據(jù)說是麥克阿瑟征詢了羅馬天主教教廷駐日代表比特神父的意見后，中止了燒毀靖國神社的計(jì)劃。然而比特神父僅靠一人之力就能保住靖國神社么？真正的答案顯然不是這樣。

幾十年后，一份盟總的解密文件揭開了謎底。這份名為“關(guān)于靖國神社的將來的見解”的文件赫然寫道：“應(yīng)該保留靖國神社，廢止恐怕反而會(huì)增加事端。”文件指出了沒有廢止靖國神社的理由——美國人擔(dān)心這不利于美國對(duì)日本的占領(lǐng)。正如巴斯后來在接受日本NHK電視臺(tái)采訪時(shí)回憶說：“繼續(xù)制裁日本，不是我們的愿望，那時(shí)的日本，正按照我們的期望在行動(dòng)。”當(dāng)時(shí)，隨著冷戰(zhàn)的激化，美國大幅度改變了占領(lǐng)政策，不但停止清算日本的戰(zhàn)爭罪行，而且打算將日本建造成“共產(chǎn)主義的防波堤”。