位于霍城縣惠遠鎮(zhèn)東大街。清光緒八年（1882）清政府收復伊犁后，在惠遠老城北重建惠遠城。伊犁將軍府也于光緒十年（1884）在新城中重建。其址位于城內(nèi)鐘鼓樓東大街正中，坐北朝南，門院三重，為典型的中軸線布局，依次為府門、正殿、將軍亭，兩側有東西營房、客房、書房；西有一四合院，包括辦公室和居室等，四合院后為金庫。伊犁將軍府是清代管理西北邊疆的最高軍政機構，以軍府而兼理民政。新疆建省后，省會設于迪化（今烏魯木齊），新疆的政治軍事中心東移，但伊犁將軍仍掌管著邊疆軍務。辛亥革命后廢除清制，伊犁將軍府成為新伊大都督府，后改為伊犁鎮(zhèn)邊使署。1914年，改為伊犁鎮(zhèn)守使署。1930年，改為伊犁屯墾使署。1934年秋，屯墾使署遷往伊寧，伊犁將軍府遂被棄用。

　　1996年7月公布為全國重點文物保護單位。2002年開始經(jīng)全面修繕保護，2006年對外開放。2012年實施免費開放。