東漢初年，匈奴又逐漸強盛，征服了曾是西漢管轄的大部分西域地區(qū)，絲綢之路被迫中斷。公元75年，東漢王朝出兵四路進擊北匈奴，涼州牧竇固率河西兵大敗匈奴，收復(fù)了伊吾等失地，重新打開通向西域的門戶。同時派遣名將班超兩度出使西域，殺死匈奴使節(jié)，聯(lián)絡(luò)西域諸國與東漢建立了友好關(guān)系，使斷絕65年的絲綢之路重新暢通。
自西漢設(shè)郡到西晉末的數(shù)百年間，絲綢之路雖幾通幾絕，但敦煌日漸呈現(xiàn)出繁榮昌盛的景象，也逐步發(fā)展成為西北軍政中心和文化商業(yè)重地，成為"華戎所交大都會".在此期間，敦煌文化發(fā)達，名士濟濟，人才輩出：有驍勇善戰(zhàn)的征邊名將張奐，有深明大義的朝臣蓋勛，有才學出眾的大文學家侯瑾，有勤奮好學、人稱"草圣"、"亞圣"的著名兄弟書法家張芝、張昶等。
永嘉喪亂，西晉王朝覆滅，晉室南遷，建立東晉政權(quán)。廣大北方地區(qū)出現(xiàn)了"五胡"、"十六國"的混戰(zhàn)、割據(jù)局面。魏晉時期的河西地區(qū)先后建立了前涼、后涼、南涼、西涼、北涼等封建政權(quán)。前涼張駿時期，曾改敦煌為沙州。公元400年，李高[注：為日下一高]據(jù)敦煌稱王，建立西涼國。敦煌有史以來第一次成為國都，以后亡于北涼。前涼、西涼、北涼三政權(quán)先后統(tǒng)治河西地區(qū)時，比較注重謹修內(nèi)政，安民保境，輕徭薄賦，勸課農(nóng)桑，崇尚儒學，興辦教育。使河西地區(qū)社會安定，經(jīng)濟繁榮，文化昌盛。
這一時期，涼州已成為中國北部的文化中心，而敦煌又是涼州文化的中心，名流學者代不乏人。如有號稱"敦煌五龍"的索靖、汜衷、張彪、索纟介、索永，俱以文學聞名當時。索靖還是歷史上著名的書法家。敦煌的經(jīng)學大師宋纖、郭王禹、劉日丙等，講學授徒數(shù)百人到上千人，敦煌人闞馬因撰寫的《十三州志》，是我國古代重要地理著作。還有天文學家趙匪文及索襲、宋繇、張湛等敦煌較知名的學者。
十六國時期，群雄逐鹿中原，戰(zhàn)火四起，百姓流離失所，處于水深火熱之中，而河西成為相對穩(wěn)定的地區(qū)。中原大批碩學宿儒和百姓紛紛背井離鄉(xiāng)，逃往河西避難，帶來了先進的文化和生產(chǎn)技術(shù)。尤其漢魏傳入的佛教在敦煌空前興盛。飽受戰(zhàn)爭之苦的百姓拜倒在"佛"的腳下，企望解脫苦難，過上幸福、安定的生活。敦煌是佛教東傳的通道和門戶，也是河西地區(qū)的佛教中心。有一大批佛學高僧在敦煌講經(jīng)說法。河西各地的佛門弟子多來此地研習學。如有世居敦煌的譯經(jīng)大師竺法護；有前往印度學習佛法的敦煌人宋云等。法顯、鳩摩羅什等沸學大師無論東進還是西去都在敦煌留下了他們的足跡。前秦建元二年（公元366年〕，樂尊和尚在三危山下的大泉河谷首開石窟供佛，莫高窟從此誕生了。之后，開窟造佛之舉延續(xù)了千百年，創(chuàng)造了聞名于世的敦煌藝術(shù)。
北魏滅了北涼，統(tǒng)一了北方，占據(jù)了河西。這個時期，敦煌比較安定，百姓安居樂業(yè)，佛教隨之盛行。北魏的人在莫高窟開鑿洞窟13個。
隋朝的建立，結(jié)束了西晉以來三百余年的分裂局面，完成了統(tǒng)一中國的大業(yè)。隋文帝收復(fù)河西時，相繼平息了突厥、吐谷渾的侵擾，保證了絲綢之路的暢通與繁榮。同時改北周以來的鳴沙縣為敦煌縣。隋文帝平定了南方割據(jù)政權(quán)后，將批南朝貴族連同其部族遠徙敦煌充邊，給敦煌帶來了南方的文化和習俗。這樣，南北漢文化在敦煌融為一體，使敦煌的地方文化更加富有明顯的特色。隋文帝崇信佛教，曾幾次下詔各州建造舍利塔。詔命遠至敦煌。在最高統(tǒng)治者的提倡下，隋代雖存在了短短的37年，但在莫高窟開窟竟有77個，且規(guī)模宏大，壁畫和彩塑技藝精湛，同時并存著南北兩種截然不同的藝術(shù)風格。大業(yè)初年，隋煬帝派遣吏部侍郎裴矩到張掖、敦煌一帶了解絲綢之路以及中西通商貿(mào)易情況。大業(yè)五年（公元609年），煬帝西巡，在張掖舉辦了西域27國貿(mào)易交易大會，盛況空前。
唐朝初期，在河西設(shè)肅、瓜、沙三州。河西全部歸唐所屬。貞觀十四年（公元640年），唐太宗李世民一舉鏟除東西大道上以西突厥為主的障礙，確保了絲路占道的暢通。唐代的敦煌同全國一樣，經(jīng)濟文化高度繁榮，佛教非常興盛。莫高窟開窟數(shù)量多達1000余窟，保存到現(xiàn)在的有232窟。壁畫和塑像都達到異常高的藝術(shù)水平，貞觀十九年（公元645年），唐玄奘到印度取經(jīng)返回，經(jīng)敦煌回到長安。
唐朝興起的時候，我國西南部的吐蕃王朝日益強盛。"安史之亂"以后，唐王朝由鼎盛開始走向衰落，從此一蹶不振。吐蕃乘虛進攻河西，攻陷了涼州、甘州、肅州等地。沙州將士百姓堅持了長達11年的抵抗，終因彈盡糧絕，以城降蕃。自此，吐蕃統(tǒng)治了全部河西，長達70多年。吐蕃也信佛教，莫高窟中唐洞窟中保存了大量吐蕃時期的壁畫藝術(shù)。藏經(jīng)洞內(nèi)保存了大量的吐蕃文經(jīng)卷。
唐宣宗大中二年（公元848年），敦煌百姓難以忍受吐蕃暗無天日的統(tǒng)治，奴隸般的生活，本地人張議潮乘吐蕃王朝發(fā)生內(nèi)亂，聯(lián)絡(luò)當?shù)馗髯迦罕?，聚眾起義，趕走吐蕃貴族，一舉光復(fù)沙州。經(jīng)過10多年的斗爭，全部收復(fù)河西、河湟等地，并遣使奉表歸唐。唐王朝封張議潮為河西、河湟十一州節(jié)度使，建歸義軍，治沙州。
后來，朝廷詔張議潮人朝為官，沙州張氏宗族內(nèi)亂。其孫張承奉嗣節(jié)度使，叛唐自立"西漢金山國",自稱"金山白衣天子".此時，甘州回鶻也控制了河西走廊中部地區(qū)。"金山國"為打通東西交通，與回鵑交戰(zhàn)，結(jié)果一敗涂地。后回鶻攻打沙州，張承奉難以抵擋，只好投降。公元9l4年，金山國亡，張氏絕嗣，沙州長史曹議金取代節(jié)度使地位，統(tǒng)領(lǐng)瓜、沙二州。曹氏統(tǒng)治期間，籠絡(luò)瓜、沙望族，注意發(fā)展生產(chǎn)，重視經(jīng)濟、軍事和文化建設(shè)，改善同周圍各民族的關(guān)系，東交回鶻，西聯(lián)于闐，與鄰邦各國和睦相處，保持了穩(wěn)定和安寧，維持了130多年。
11世紀初，西北地區(qū)的黨項族開始興起，逐步強大。公元1028年取勝甘肅回鶻，繼而攻陷瓜州、沙州，稱霸河西。于1038年建立了西夏王朝。當時，形成了宋、遼、西夏三足鼎立局面。在西夏統(tǒng)治敦煌的一百多年間，由于重視經(jīng)濟發(fā)展，使敦煌保持著漢代以來"民物富庶，與中原不殊"的水平。西夏統(tǒng)治者崇信佛教，不排斥漢文化，在文化藝術(shù)方面也有大的發(fā)展。至今，莫高窟和榆林窟保存著大量豐富而獨特的西夏佛教藝術(shù)。舉世聞名的"敦煌遺書''即在西夏統(tǒng)治時期（公元1036年）封藏于莫高窟第17窟內(nèi)。
宋寧宗開禧二年（公元1206年），元太祖鐵木真（成吉思汗）統(tǒng)一漠北各部族，成立了強大的部落聯(lián)盟。1227年，蒙古大軍滅西夏，攻克沙州等地，河西地區(qū)歸元朝所有。此后，升敦煌為沙州路，隸屬甘肅行中書省。后升為沙州總管府。元朝遠征西方，必經(jīng)敦煌。當時瓜、沙二州屯兵濟濟，營寨櫛比，屯墾農(nóng)兵遍布黨河、疏勒河流域。敦煌一度呈現(xiàn)出經(jīng)濟文化繁榮的景象，和西域的貿(mào)易更加頻繁。著名旅行家意大利人馬可波羅就是這一時期途經(jīng)敦煌漫游到中原各地。元朝統(tǒng)治者也崇信佛教。莫高窟的開造得以延續(xù)。現(xiàn)存元代洞窟約10個。自元朝以后，千里河西逐漸失去了昔日的光彩。
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