朱元璋建立明朝以后，為掃除元?dú)埐?，派宋?guó)公馮勝率兵三路平定河西獲勝，修筑了嘉峪關(guān)明長(zhǎng)城，重修了肅州城。明王朝為了加強(qiáng)西北邊疆的防衛(wèi)，設(shè)置了關(guān)西七衛(wèi)。永樂三年（公元1405年），在敦煌設(shè)沙州衛(wèi)。后吐魯番攻破哈密，敦煌面臨威脅。明王朝又在沙州古城設(shè)置罕東左衛(wèi)。正德十一年（公元1516年），敦煌被吐魯番占領(lǐng)。嘉靖三年（公元1524年），明王朝下令閉鎖嘉峪關(guān)，將關(guān)西平民遷徙關(guān)內(nèi)，廢棄了瓜、沙二州。此后二百年敦煌曠無(wú)建置，成為"風(fēng)播樓柳空千里，月照流沙別一天"的荒漠之地了。

　　清康熙后期，清王朝漸次收復(fù)了嘉峪關(guān)外的廣大地區(qū)。雍正三年（公元1725年），在敦煌建立沙州衛(wèi)，并開始從甘肅各地移民2400戶到敦煌墾荒定居，同時(shí)又遷吐魯番、羅布泊大批兵民于沙州一帶。雍正末，沙州已有耕地10萬(wàn)余畝，引黨河水分10渠灌溉，農(nóng)業(yè)得到很快的恢復(fù)和發(fā)展形成河西走廊西部的戈壁綠洲。到乾隆二十五年（1760年），改沙州衛(wèi)升敦煌縣，隸屬安西直屬州，直至辛亥革命，1949年中華人民共和國(guó)成立后，敦煌一直是縣府所在地。 1987年經(jīng)國(guó)務(wù)院批準(zhǔn)撤縣設(shè)立敦煌市。1986年被國(guó)務(wù)院命名為"中國(guó)歷史文化名城".