人們常常以“沙漠中的圖書館”、“石室寶藏”、“石室藏經(jīng)”等來形容和說明藏經(jīng)洞的性質(zhì)，事實(shí)上都不十分明確，也沒有能夠十分清楚地表達(dá)藏經(jīng)洞的根本性質(zhì)。學(xué)者們?cè)谘芯坎亟?jīng)洞的性質(zhì)和封閉原因時(shí)也對(duì)此問題均有程度不等的涉及，作為學(xué)界對(duì)藏經(jīng)洞性質(zhì)的研究影響最大者有以下幾種說法：
1、即“避難說”中所言純粹是一次偶然因素所導(dǎo)致把大量的佛典等藏入此洞，那么藏經(jīng)洞的性質(zhì)并不明確了，只是為了躲避戰(zhàn)爭威脅而對(duì)佛教寶藏的臨時(shí)處理和一時(shí)的權(quán)宜之計(jì)。
2、即“廢棄說”中所主張，藏經(jīng)洞的性質(zhì)即為佛教寶物的廢棄處理，形同于廢物的集中掩埋。當(dāng)時(shí)敦煌各寺院集存作廢不用的佛經(jīng)斷紙、文書、紙絹麻布畫及木刻雕像等，由于過時(shí)不用了，或由于新版本佛經(jīng)的進(jìn)入，以及紙張的充足，破舊佛典等已不再需要了，因此藏經(jīng)洞便擔(dān)當(dāng)了這次敦煌寺院處理佛教圣物的角色與功能。
3、認(rèn)為藏經(jīng)洞是敦煌其中一所寺院“三界寺的供養(yǎng)具”。此說由北京大學(xué)榮新江教授提出，影響較大。榮新江先生通過對(duì)斯坦因首次進(jìn)洞的相關(guān)記錄和照片的考察，發(fā)現(xiàn)藏經(jīng)洞文物最初的擺放是相當(dāng)工整的，一帙一帙，一包一包，每包又有佛經(jīng)分類題名和千字文編號(hào)，整整齊齊地堆放在藏經(jīng)洞內(nèi)，顯然是分門別類的布局。同時(shí)在藏經(jīng)洞，碎片殘卷不多，而且大多是從完整佛經(jīng)等上面揭取下來的，本身是為了修補(bǔ)佛經(jīng)用的。藏經(jīng)洞內(nèi)所藏佛經(jīng)基本上多為完好之作。不僅如此，在藏經(jīng)洞發(fā)現(xiàn)的那些完好精美的經(jīng)帙、卷軸、絹畫、刺繡以及完整無缺的藏文、于闐文、回鶻文、粟特文等文獻(xiàn)寫本，這些精美物品要作為廢棄物考慮，與情與理均不通。而大多學(xué)者們研究的結(jié)果發(fā)現(xiàn)，在藏經(jīng)洞的大量佛經(jīng)寫本中，其中以有引首為三界寺的題名或印記者最多，說明大多寫經(jīng)是與三界寺有關(guān)，其實(shí)也就是屬于三界寺的所有財(cái)產(chǎn)。另一個(gè)藏經(jīng)洞寫經(jīng)與三界寺密切關(guān)系的證據(jù)，就是發(fā)現(xiàn)了大量的寫經(jīng)題記中有三界寺僧人道真的題名，并且也發(fā)現(xiàn)了直接記載道真為三界寺修補(bǔ)佛經(jīng)的文書。三界寺在敦煌是一座小寺，而且寺址就在莫高窟，由于寺院沒有能力雇人寫經(jīng)，于是便利用其它各敦煌寺院的破壞、古舊、作廢、不用或多余的佛經(jīng)，為三界寺的經(jīng)藏?cái)U(kuò)充，因此形成了多數(shù)佛經(jīng)殘破不全，或有殘破佛經(jīng)斷片存在的原因。正由于三界寺本身就在莫高窟，而且推測應(yīng)該與藏經(jīng)洞17窟不會(huì)太遠(yuǎn)，因此一旦滅佛的消息傳來以后，道真與三界寺的僧人一道把本寺的藏經(jīng)及其它圣物一并藏入此窟，并在外面畫壁畫以為掩蔽。
4、有學(xué)者認(rèn)為藏經(jīng)洞與佛教傳統(tǒng)的“石室藏經(jīng)”有關(guān)，即藏經(jīng)洞寶物是佛教正常例行的“石室藏經(jīng)”。佛教傳統(tǒng)的一種做法是有專門的藏經(jīng)之處，如寺院的藏經(jīng)樓、藏經(jīng)閣、石窟的藏經(jīng)洞等，把經(jīng)藏放置一專設(shè)的地方，莫高窟藏經(jīng)洞即為此做法。從方位關(guān)系上考察，也符合寺院或石室藏經(jīng)的方位關(guān)系。
5、藏經(jīng)洞為佛教徒供養(yǎng)佛教法物的地方。此說由蘇州戒幢佛學(xué)研究所研究員文正義先生提出，因?yàn)槭鞘状斡缮颂岢?，結(jié)合諸多佛教理論與實(shí)際，頗顯道理。文先生指出，寺院都有藏經(jīng)的地方，而且不至一處，大致有二種情況：一是由政府頒賜，或請(qǐng)人或自行抄寫，這類佛經(jīng)主要供僧人諷唄誦讀；另一類是教內(nèi)外人士祈求福報(bào)，追薦亡靈，或者是做其它功德而發(fā)愿書寫的經(jīng)卷，主要是用于供在佛前供養(yǎng)。第一種是有目的的頒賜、抄寫，為寺院常住誦讀研究，往往求全求備；后者則是為求得某種功德，多為小經(jīng)或單卷，帶有個(gè)人的隨意性。前者呀分發(fā)與個(gè)人，或典藏于寺院的藏經(jīng)樓；后者則供養(yǎng)或秘藏在特殊的地方，諸如石龕、石窟等處。二者雖都是寺院藏書，但是卻有著本質(zhì)上的區(qū)別與不同。而敦煌藏經(jīng)洞的經(jīng)書有幾個(gè)特點(diǎn)：一是保存的時(shí)間特別長，最早可到西晉十六國時(shí)代的寫經(jīng)，應(yīng)該說是寺院供養(yǎng)經(jīng)，如果是流通經(jīng)典，恐怕早都損壞殆盡；二是藏經(jīng)洞寫經(jīng)沒有系統(tǒng)，有的經(jīng)幾百卷上千者，有的特別少，有的又零星幾卷，而有的又完全沒有發(fā)現(xiàn)，嚴(yán)重不成比例，也構(gòu)不成一部完整大藏經(jīng)的經(jīng)目，顯然不是一所寺院的圖書館，只能是供養(yǎng)經(jīng)；第三，藏經(jīng)洞佛經(jīng)，大多缺頭少尾，一部經(jīng)也多不全面，或有只抄一部經(jīng)的其中一部分者，也有不少的碎片存在，正是古壞經(jīng)文，或是不能受用者，便一并作為供養(yǎng)經(jīng)處理。因此敦煌藏經(jīng)洞寫本佛經(jīng)符合寺院藏書的第二種情形，即供養(yǎng)經(jīng)。同時(shí)按照寺院的規(guī)定，經(jīng)及佛教的要求，寺院的供養(yǎng)經(jīng)或供養(yǎng)法物，都要放在諸如高顯處、高座等一般不易碰到的地方，同時(shí)要以種種方式供養(yǎng)。
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