根據(jù)阿古柏在達坂、吐魯番、托克遜三城部署重兵，加強防守，其本人則坐鎮(zhèn)喀喇沙爾指揮的情況，左宗棠于1876年11月初擬定了三路并進收復南疆的作戰(zhàn)方案：劉錦棠部由烏魯木齊南下攻達坂城，為北路；張曜部由哈密西進，為東路；徐占彪部出木壘河，越天山南下，為東北路。張、徐兩部協(xié)力攻取吐魯番，得手后，立即攻托克遜。

　　1877年4月14日，清軍開始向南疆進軍。劉錦棠率主力1萬余人及開花炮隊由烏魯木齊南下，16日進至達板外圍，乘守敵不備，迅速完成對該城的包圍。4月18日，清軍打退增援之敵，在達坂城外增筑炮臺。4月19日，炮臺筑成，清軍用開花大炮轟塌城中大炮臺、月城和城垛，擊中敵彈藥庫，敵軍死傷甚眾，企圖突圍，被清軍截殺未逞。敵守軍在清軍強大攻勢面前只得投降，達坂城克復。這一戰(zhàn)，清軍共擊斃敵軍2000余人，俘敵1000多人。與此同時，張曜部和徐占彪部在鹽池會師后，于4月21日克七克騰木，22日克辟展，25日克勝金臺，向吐魯番挺進。

　　4月26日，劉錦棠部攻克托克遜。隨后，張、徐二部在羅長枯部湘軍協(xié)助下收復吐魯番。至此，清軍三路并進，未及半月即收復三城，為徹底打敗阿古柏創(chuàng)造了條件。南疆人民紛紛起義，反對阿古柏的反動統(tǒng)治。阿古柏見大勢已去，于5月下旬逃至庫爾勒自殺（另說他殺）。其子伯克，胡里在喀什噶爾稱王，繼續(xù)頑抗。

　　1877年9月，清軍挾連克三城余威，乘秋高氣爽之際，開始部署收復南疆八城之戰(zhàn)。劉錦棠率馬步32營為前鋒，張曜率馬步16營為后隊，共2萬余人，向西挺進。敵守軍放棄喀喇沙爾和庫爾勒西逃往庫車。劉錦棠根據(jù)敵西逃庫車，立足未穩(wěn)等情況，決定親率精兵追擊。10月15日，劉錦棠率2000精兵追至布古爾（今輪臺），擊敗敵騎千余。10月18日，追至庫車城外，發(fā)現(xiàn)大量敵軍。劉錦棠在隨后跟進的部隊到達后，猛攻庫車，敵軍大敗，白彥虎率余部向西逃跑。清軍收復庫車。

　　10月19日，劉錦棠繼續(xù)西進，21日抵拜城，22日在銅廠大敗白彥虎軍和伯克，胡里軍。24日，清軍克阿克蘇城。26日克烏什。至此，清軍在一個月內(nèi)馳驅(qū)1000公里，連克南疆東四城--喀喇沙爾、庫車、阿克蘇和烏什。

　　清軍的破竹之勢，使盤踞在西四城（葉爾羌、英吉沙爾、和闐、喀葉噶爾）的敵軍驚恐萬分。和闐叛軍呢牙斯向清軍請降，并主動率兵圍攻葉爾羌。伯克·胡里率兵自喀什噶爾增援葉爾羌，打敗呢牙斯。但前喀什噶爾守備何步云乘機反正，率數(shù)百滿漢兵民占據(jù)喀什噶爾。伯克·胡里趕忙回救喀什噶爾。何步云派人向劉錦棠乞援。劉錦棠當機立斷，決定不待張曜全軍到達，便分兵三路前進：一路由余虎恩率步騎5營從阿克蘇取道巴爾楚克（今巴楚東）直趨喀什噶爾為正兵；一路由黃萬鵬率騎兵6營、張俊率步兵3營，經(jīng)烏什取道布魯特邊境，出喀什噶爾西為奇兵，約定于12月18日兩路同抵喀什噶爾；劉錦棠自率一部經(jīng)巴爾楚克直搗葉爾羌和英吉沙爾，策應(yīng)攻取喀什噶爾。12月17日，余虎恩、黃萬鵬等部齊至喀什噶爾，當晚一舉收復該城。伯克，胡里、白彥虎率殘部逃入俄境。12月21日，劉錦棠收復葉爾羌，24日收復英吉沙爾。1878年1月2日，清軍克復和闐。至此，新疆全境除伊犁地區(qū)外，全部收復。清軍收復新疆之戰(zhàn)取得偉大勝利。1881年，中俄通過談判，中國收回伊犁。

　　清軍收復新疆的正義之戰(zhàn)，不僅有力痛擊了阿古柏侵略勢力，而且粉碎了俄英兩國利用阿古柏勢力分裂我國的圖謀，維護了國家的主權(quán)與統(tǒng)一。收復新疆成了左宗棠一生中一個十分重要的閃光點！