東漢獻帝建安十九年 （214年）， 曹操手下大將張合率軍進入今青海東部，河湟地區(qū)從此納入曹操勢力范圍。但魏軍遭到以麴氏為代表的西平豪門地主的多次反抗 （ 見麴氏叛魏 ） .魏、蜀、吳 3 國鼎立的局面出現(xiàn)后，自曹魏太和四年 （230年） 起，魏、蜀雙方又展開了爭奪河湟地區(qū)統(tǒng)治權的戰(zhàn)爭，蜀漢涼州刺史魏延率軍“西入羌中”,與曹魏雍州刺史郭淮在今甘肅甘南藏族自治州與青海黃南藏族自治州地大戰(zhàn)。正始四年 （243 年），蜀漢以鎮(zhèn)西大將軍姜維接替魏延“領涼州刺史”, 數(shù)年后與魏軍大戰(zhàn)于“洮水之西”.與此同時，河湟地區(qū)的羌族與匈奴首領紛紛相結叛魏，“圍攻城邑，南召蜀兵”.羌酋峨遮塞在今青海民和黃河沿岸阻擊魏軍；匈奴族首領治無戴也在今青海海北藏族自治州海晏縣北部抗擊魏軍，失敗后逃往蜀漢。正始十年 （249年）， 姜維進攻西平，不克而退。嘉平六年 （254年）， 蜀軍攻占狄道（今甘肅臨挑） 、臨挑。（今甘肅眠縣） 、河關 （轄今青海貴德、循化）， 遷3縣民戶人蜀。此后，雙方在今黃河以南甘、青交界地區(qū)進行拉鋸戰(zhàn)，直到蜀漢滅亡為止 （ 見蜀魏河湟之爭 ） .
晉王朝建立后不久，鮮卑族和匈奴族的一些部落先后自北方入塞。落居于今甘肅河西走廊東部地區(qū)的鮮卑各部及匈奴人，由于不堪地方宮吏的歧視與壓迫，在禿發(fā)樹機能的率領下，發(fā)動了河西鮮卑長達10年的反晉戰(zhàn)爭，并一度攻占涼州首府姑臧 （今甘肅武威） .涼州地區(qū)的羌人各部紛紛響應，羌酋柯成泥也曾攻占西平與浩門，使西晉王朝在涼州地區(qū)的統(tǒng)治陷于中斷。武帝咸寧五年 （279 年）， 河西鮮卑被新任武威太守馬隆率兵擊敗，西晉王朝恢復了對涼州地區(qū)的統(tǒng)治?；莸塾缹幵?（301年）， 晉以張軌為涼州刺史。晉王室南遷以后，涼州成為北中國惟一由漢族官吏統(tǒng)治的一個州。不久，西平太守曹桂企圖推翻張軌取而代之。 張軌遂于懷帝永嘉五年 （311年） 遣其子張宴率軍南下，攻擊曹掛。自此，青海東部河涅地區(qū)直接納入張氏父子的統(tǒng)治之下 （見曹桂之亂） .東晉穆帝永和元年 （345年）， 張軌孫張駿自定年號， 設置百宮，建立了“前涼”, 河湟地區(qū)成為前涼王國的一部分。孝武帝太元元年 （376 年）， 氐族苻氏建立的前秦帝國攻滅前涼，結束 了張氏長達76年的統(tǒng)治，河湟地區(qū)歸屬前秦。太元十一年 （386年）， 前秦大將呂光西征西域返回河西后，驅逐前秦涼州刺史梁熙，建立了。后涼政權，河湟地區(qū)又成為后涼王國屬地。安帝隆安元年 （397年）， 后涼鮮卑大都統(tǒng)、廣武郡公、禿發(fā)部落酋長禿發(fā)烏孤脫離后涼，建立了南涼王國。次年，南涼進軍湟水流域，占領今青海境內河湟地區(qū)，并先后在樂都、西平等地建都。前秦苻氏政權滅亡后，羌人姚氏建立的后秦帝國勢力擴及隴西，南涼王禿發(fā)辱檀懼后秦攻伐，表面臣附于后秦，并被委為涼州刺史，占領了涼州首府姑臧及河西走廊東部5郡，實則“車服禮章一如王者”, 割據(jù)如故。南涼作為十六國之一， 在中國歷史上猶如曇花一現(xiàn)，只存在了短短18年，期間發(fā)展農業(yè)，創(chuàng)建學校，傳播中原文化，推行封建制度，對開拓河湟地區(qū)、促進社會進步作出了貢獻。后因其王窮兵黯武，導致衰敗，不得不退出河西地區(qū)，保守湟水流域。安帝義熙十年 （414年）， 鮮卑乞伏氏建立的西秦王國軍隊攻滅南涼，青海東部河湟地區(qū)歸屬于以枹罕 （今甘肅臨夏） 地區(qū)為中心的西秦王國。劉宋元嘉六年 （429年）， 占領河西走廊中、東部地區(qū)的匈奴沮渠氏的北涼軍隊越過祁連山脈，將西秦軍隊逐回河南，青海東部河湟地區(qū)又歸北涼王國。10年后，北魏攻滅北涼，又統(tǒng)治了青海東部。梁中大通六年 （534年） 北魏分裂后，河湟地區(qū)又歸屬西魏。西魏恭帝末年 （557年）， 北周取代西魏，河湟地區(qū)歸屬于北周。在魏晉南北朝時期，特別是在魏晉時期的大動蕩中，青海東部河湟地區(qū)政權更迭頻繁，戰(zhàn)火連綿不斷，加上不時發(fā)生旱災，人民生活困苦。這種局面直到隋、唐統(tǒng)一中國之后，才有了改變。
在魏晉南北朝大部分時間內，青海東部的今黃南藏族自治州、中部的海南藏族自治州及西北部的海西蒙古族藏族自治州地，均屬鮮卑慕容吐谷渾子孫建立的吐谷渾王國 （河南王國） .這些地區(qū)的羌族部落，先后融并于吐谷渾族。吐谷渾在南北朝時期，既與南朝的宋、齊、梁朝密切交往，也與北朝的魏、周遣使往來，并利用南北交往的有利條件，開通絲綢輔道，發(fā)展貿易，不但增強了國力，也為古代東西方文化的交流作出了貢獻。同時，吐谷渾也先后與西秦、北魏和北周發(fā)生多次戰(zhàn)爭。北魏太平真君五年 （444年）， 魏軍乘吐谷渾內亂，深入吐谷渾腹地，擊敗吐谷渾，迫使其王慕利延逃往西域占領鄯善 （今新疆婼羌） 等地，建立了西部吐谷渾。一年后慕利延返回青海復國，以后與魏時戰(zhàn)時和。北周為了反擊吐谷渾的東侵，也曾多次發(fā)動對吐谷渾的戰(zhàn)爭。北周武帝建德五年（576年）， 太子宇文赟乘吐谷渾內亂，亦曾率兵攻占青海湖濱的吐谷渾都城-伏俟城，但終因大軍不能在牧區(qū)常駐而撤軍。
魏晉南北朝時期青海南部今果洛藏族自治州和玉樹藏族自治州大部地區(qū)，分布著以黨項羌為代表的許多羌族部落，他們“每姓別為部落，大者五千騎，小者千余騎，織牦牛尾及山羊毛為屋，服裘褐，披氈為上飾，俗尚武力，無法令，各為生業(yè)，有戰(zhàn)陣則屯聚，無徭役，不相往來，養(yǎng)牦牛、羊、豬以供食，不知稼禾…… 元文字，但候草木以記歲時，三年一聚會，殺牛羊以祭天。”在整個魏晉南北朝時期內，社會發(fā)展緩慢，處于氏族社會階段。
隋初，仍保留北周所設鄯州、廓州，廢去郡一級建制，并將7縣合并為4縣。鄯、廓2州只轄河湟一隅，今青海其余廣大地區(qū)則是吐谷渾和黨項等羌的屬地。大致以巴顏喀拉山和阿尼瑪卿山為界，山南為黨項等羌屬地，余為吐谷渾地。當時黨項諸部落大者5000余騎，小者千余騎，互不統(tǒng)屬，大部分役屬吐谷渾。吐谷渾自5世紀中葉起勢漸強盛，隋初常攻掠騷擾隋邊。隋曾多次派兵反擊。文帝開皇九年 （589年） 隋滅陳后，吐谷渾震懾，遣使朝貢，雙方開始和好交往。開皇十六年，隋以光化公主嫁與吐谷渾主世伏。次年，世伏弟伏允為主，依俗仍以光化公主為妻。自此吐谷渾朝貢歲至。隋渾聯(lián)姻將雙方友好關系推到一個高峰。隋煬帝繼位后，對吐谷渾、西突厥擁遏中西陸路通道的狀況深感不滿，立志打通西域通道。 于是勸誘西突厥鐵勒部出擊吐谷渾，隋軍也乘機掩擊配合（見鐵勒擊渾） .吐谷渾雖遭大敗，但隋兵一撤，吐谷渾又復其故地。隋煬帝決定西巡，親征吐谷渾，打通中西通道。大業(yè)五年 （609年）， 率百官、嬪妃及數(shù)十萬大軍到青海境，曾在西平郡陳兵講武，在拔延山 （ 屬拉脊山脈） 圍獵演習。后經(jīng)今西寧、大通，渡浩門河，在覆袁川（今門源永安河谷一帶） 圍殲吐谷渾主力，伏允敗遁。隋衛(wèi)尉卿劉權等出伊吾道，破吐谷渾伏侯城。于是在吐谷渾故地設置西海、河源、且末、鄯善郡，命劉權留鎮(zhèn)河源郡積石鎮(zhèn)，發(fā)天下罪徒配為戍卒，大開屯田 （見隋煬帝西巡、隋代河源郡屯田）。劉權在邊5年，諸羌安服，貢賦歲入。隋末，吐谷渾復其故地。
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